主人公・長谷川利星は高校一年生の入学式、友達作りに失敗してしまう。 無表情で、いつもぼんやりしていたからだ。だが、そんな利星にも積極的に話しかける昴という少年がいた。 呪われた少女利星に優しくする理由は、昴も利星と同じ能力者で、呪われた子供だったのだ。

月の少女ルーナは、魂を宿した最後の、月の希望。 元老院の院長のセレーネに施設に閉じ込められ、味気無い日々を送り、しだいに魂を失いかける。 そんな中、パイロットのコヨミが、月の島になぜか降り立つ。 その異変に気付いた月の人々が混乱している隙に、ルーナは施設を脱出し、外へ出る。 ルーナのソウルキューブを管理し、研究している院長セレーネの元へ、魂奪還のために行こうとするルーナ。 だが、ルーナとコヨミは偶然からか出会い、コヨミはチキュウに帰るため、元老院のいる中央都の塔･セントラル･アースへ向かう。